Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение города Ростова-на-Дону «Классический лицей № 1» создано на базе средней школы № 59 Железнодорожного района города Ростова-на-Дону, основанной в 1968 году.
В 1990 году средняя школа № 59 Железнодорожного района города Ростова-на-Дону была реорганизована в «Лицей с подготовительной ступенью при Ростовском Госуниверситете» на основании решения Коллегии областного управления народного образования № 5/5 от 26.07.1990г., приказа городского отдела народного образования № 420 от 16 августа 1990г. «Об открытии городского лицея совместно с РГУ на базе общеобразовательной средней школы №59 железнодорожного района».
В 1993 году Лицей с подготовительной ступенью при Ростовском Госуниверситете переименован в Муниципальное общеобразовательное учреждение «Классический Лицей №1 при РГУ с подготовительной ступенью» на основании Приказа Городского управления образования от 28.12.1993г. № 746
В 1999 году Муниципальное общеобразовательное учреждение «Классический Лицей №1 при РГУ с подготовительной ступенью» переименовано в Муниципальное общеобразовательное учреждение «Классический Лицей №1 при Ростовском Государственном Университете», на основании Приказа Управления образования администрации г. Ростова-на-Дону от 28.05.1999 № 335/01.
В 2004 году Муниципальное общеобразовательное учреждение «Классический Лицей №1 при РГУ с подготовительной ступенью» переименовано в Муниципальное общеобразовательное учреждение Лицей №1 «Классический» при РГУ, на основании Приказа МУ «Управление образования администрации г. Ростова-на-Дону» от «24» декабря 2004 №806.
В 2008 году Муниципальное общеобразовательное учреждение Лицей №1 «Классический» при РГУ переименовано в Муниципальное общеобразовательное учреждение лицей №1 «Классический» г. Ростова-на-Дону на основании Приказа МУ «Управление образования города Ростова-на-Дону» от 28 февраля 2008 № 216.
На основании постановления Администрации города Ростова-на-Дону от 23.04.2015 № 289 «Об изменении наименований муниципальных образовательных учреждений города Ростова-на-Дону» МАОУ является правопреемником муниципального автономного общеобразовательного учреждения лицея №1 «Классический» города Ростова-на-Дону.